нормально переносят, можете разводить цефтриаксон физраствором.
на микоплазму он не воздействует, но это не обязательно она. если состояние зверя позволяет, можете поставить дней на 5 цефтриаксон и смотреть на реакцию.
если зверь очень плох уже, мне кажется, надо переходить на макролиды. нужен человеческий сумамед или ветеринарный тилозин (самая малая концентрация). как по мне, предпочтительней второй вариант. тем более, зверь уже плохо ест. но учитывайте, что минимальный курс - 2 недели. лучше 3.
укажите вес крысы, перенесенные заболевания, чем лечили.
по хорошему стоит сделать рентген. смущает, что антибиотик помог только временно.

какие были ранее дозировки?
говоря про тяжелое дыхание, что вы имеете в виду? сопит, хрипит, задыхается, пена изо рта, боками дышит?

имхо, цефалоспорины - бессмысленная потеря времени.
может, это и не микоплазмоз. но если это он? какой смысл терять время??

вашей ошибкой был короткий курс. надо было минимум 2 недели колоть. а лучше три.